Wie umfangreiche archäologische Untersuchungen belegen, kam es bereits um 9000 v. Chr. zu Siedlungen im heutigen Biesdorf. Seit etwa 1000 v. Chr. war das Gebiet dauerhaft besiedelt.

Biesdorf selbst wurde (wie viele andere Orte in der Umgebung) 1375 im Landbuch Karls IV. erstmals urkundlich erwähnt, mit 62 Hufen, davon vier Pfarrhufen und eine Kirchhufe. Grundherr von Bysterstorff bzw. Bisterstorff war Hennig von der Gröben aus dem märkischen Adelsgeschlecht von der Gröben.

Im Jahr 1472 wurden Werner und Bertram von Pfuel mit dem gesamten Dorf Biesdorf belehnt; bei ihnen lag auch das Kirchenpatronat. Mit der Reformation in der Mark Brandenburgwurde Biesdorf 1539 Mutterkirche von Kaulsdorf, später auch von Mahlsdorf, in den ersten Jahrzehnten nach 1539 auch von Marzahn.

Der Dreißigjährige Krieg sorgte in Biesdorf für Zerstörungen und Bevölkerungsschwund: Gab es 1624, also sechs Jahre nach Kriegsbeginn, noch 19 Bauern und 13 Kossäten, so waren es (nach dem Landreiterbericht) 1652 nur noch vier Bauern und sechs Kossäten.

1653 und 1666 erwarb Kurfürst Friedrich Wilhelm Biesdorf in zwei Schritten. Das Dorf wurde dem kurfürstlichen Amt Köpenick unterstellt und verblieb bis 1872 im Besitz des Kurfürsten bzw. Königs.

1806 fand in der BiesdorferFeldmark eine von Napoleon abgenommene Parade der französischen Truppen unter Marschall Davout statt.